Pueblo que se originó debido a la necesidades de las recién descubiertas minas de Cerro de San Pedro, aquí se establecieron haciendas de beneficio de minerales, de ganadería y de agricultura para siembra de trigo, maíz, fríjol, chile y cebada, la referencia más antigua es la de fundación de una hacienda de beneficio de metales en el año de 1592 por don Diego de Tapia (también se dice que este dato pertenece al Valle de San Francisco hoy Villa de Reyes), hijo de Fernando de Tapia, fundador de Santiago de Querétaro. La primera delimitación territorial aparece en los Títulos de las Tierras Naturales del Pueblo de San Francisco de Pozos de 1898.
En agosto de 1819 contaba con 5,724 habitantes, compuestos por 1,211 españoles, 2 de origen europeo, 3,271 entre mestizos e indígenas de diversas parcialidades y 1,240 entre negros y mulatos; la personas económicamente activas de dedicaban a: 1 cura; 1 vicario; 9 comerciantes; 58 artesanos (4 albañiles, 5 carpinteros, 3 herreros, 5 sastres, 2 zapateros, 16 obrajeros de algodón y 23 obrajeros de lana); 67 labradores; 153 soldados fieles realistas y 701 jornaleros. El 19 de julio de 1826 es elevado a rango de municipio libre del partido de la capital con el Nombre de Pozos. El 1º.
De enero de 1895 se suprime la municipalidad de Villa de Juárez (no confundir con el actual Villa Juárez, era muy retirado) y los ranchos de La Morena, Panalillo, y Las Animas se integran a Pozos. El 1º. De noviembre de 1927 se le reconoce como Villa de Pozos y el 10 de octubre de 1946 se suprime como municipio, integrándose su territorio al municipio de la capital. Después de la cabecera municipal en habitantes de sigue con 100,000 aproximadamente, actualmente es una pujante y progresista ciudad la cabecera delegacional.
Su historia se entrelaza con las de los municipios de San Luis Potosí, Cerro de San Pedro, Valle de San Francisco (Villa de reyes) y San José de la Parada (Zaragoza).
